增值税专用发票丢失（丢失前未认证，且已超过抵扣期限）

根据《国家税务总局关于修订《增值税专用发票使用规定》的通知 》第二十八条规定： 一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》（附件5），经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。

因此，贵公司的增值税专用发票丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。

至于是否超过抵扣期限，现行税法规定为180天请落实清楚，以免税款损失。
根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》国税函（2009）617号文件规定：
一、增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。

如果确实超过180天，其进项税额不得抵扣。贵公司只能凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件，经会计主管人员、公司领导签字同意后，价税合计计入存货的采购成本。

很不幸的告诉你：没超期的倒是可以凭销方主管国税机关出具的已报税证明单和记帐联复印件认证抵扣，超过认证抵扣期就没办法了，只能凭已报税证明单和记帐联复印件做帐用，进项税全部计入成本。

已经超过抵扣期限，肯定是不能再抵扣了，全额记如原材料成本。你可以按照增值税专用发票管理办法，去销货方办理已报税证明单、复印发票存根联作为记账凭证附件，但不能认证抵扣进项税额，仅仅只能作为企业所得税税前扣除依据，否则，不能进行所得税税前扣除。

一般纳税人丢失防伪税控开具的增值税专用发票，如在丢失前已通过防伪税控认证系统认证的，购货单位可凭销货单位出具的丢失发票存根联复印件及销货方税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”经购货单位税务机关确认后，作为增值税进项税额予以抵扣。如果丢失前未通过防伪税控认证系统认证的，购货单位应凭销货单位出具的丢失发票存根联复印件到自己的主管税务机关进行认证，认证通过后可凭该发票复印件及销货方税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”经购货单位的主管税务机关审批后，作为增值税进项税额予以抵扣。

对于已经超期的，没有办法再进行任何措施的补救了。