有各个市级交通运输局外，还有以下机构设置
安徽省公路管理局（安徽省公路路政总队）
办公室政策法规处安徽省道路运输管理局综合规划处安徽省地方海事局财务处安徽省交通建设工程质量监督局人事教育处安徽交通职业技术学院建设管理处综合运输处（民航机场管理办公室）安徽省交通运输厅机关服务中心安全监督处（应急办公室）安徽省人民政府驻沪办事处交通招待所安徽省港航建设投资集团有限公司科技处交通战备处（省交通战备办公室）离退休工作处直属机关党委省交通工会[2]各个市级交通运输局归属地方，不是交通运输厅下属单位
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