什么是上、下游引物，什么是5’端引物和3’端引物？

虽然这个问题很简单，但我怎么发觉挺难回答的......
上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物（引物就是单链寡聚核苷酸，基因扩增需要从引物开始），同理，下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。
具体示意如下：（上下两条长线代表dna模板）
5'------------------------------------
3'
(无法控制输入格式啊)
3'-----
5'<----这个是下游引物
5'----3'
<--这个是上游引物
3'------------------------------------
5'
我不太明白你的补充问题哈，再解释下：
普通的pcr反应（就是用来扩增基因片断的反应），都是有且只有一个上游引物和一个下游引物的，也就是一对引物。因为dna有两条链啊，半保留复制方式，细节你可以去看看pcr反应原理或生物体的dna复制等内容。
当然也有特殊的时候是单引物或多对引物同时进行扩增反应的。
再另外，引物是一个核苷酸一个核苷酸合成的，一般是20个核苷酸左右的长度，不会用引物去扩增引物的。

四种核苷酸或脱氧核苷酸按照一定的排列顺序以3’，5’磷酸二酯键（phosphodiester linkage）相连形成的多聚核苷酸链或脱氧核苷酸（polydeoxynucleotides）, 称为核苷酸序列(也称为碱基序列)。脱氧核苷酸或核苷酸的连接具有严格的方向性，是前一核苷酸的3’-OH与下一位核苷酸的5’-位磷酸间形成3’，5’磷酸二酯键，构成一个没有分支的线性大分子。DNA的书写应从5’到3’
大多数的真核mRNA转录后在5'-端加一个7-甲基鸟苷,同时第一个核苷酸的C'2也是甲基化的,这种m7G ppp N m帽子结构具有促进核蛋白体与mRNA的结合、加速翻译起始速度的作用,同时可以增强mRNA的稳定性。
在真核mRNA的3'末端,有一多聚腺苷酸(poly A)结构,通常称为多聚A尾。一般由数十个至一百几十个腺苷酸连接而成。poly A是RNA生成后加上去的。poly A与mRNA从核内向胞质的转位及mRNA的稳定性有关。
DNA双链是反向的，复制时，两股链均作为模板，但新链的合成只能是5’→3’
引物提供3’-OH，与原料dNTP的5’-P形成磷酸二酯键，然后DNA聚合酶催化这一聚合反应的进行

sirna合成中，以U6启动子为模板，5′端引物与U6启动子5′端互补，3′端引物与U6启动子3′端互补并带siRNA正义链及9nt 的环状结构，二次循环带反义链。

引物5’端可设计修饰，3’端是延伸开始，一般不可修饰，也不能形成二级结构。

以物体的整体划分