南京站目前有两条地铁线路通过，一个是一号线，一个是三号线，一号线的南短底站是迈皋桥，北端底站是中国药科大学三号线往浦口方向底站是林场，往江宁方向底站是秣周东路
经过南京站的地铁是1号线和3号线。1号线由迈皋桥开往中国药科大学；3号线由林场开往秣周东路。
