南淝河的源头,历史上曾有多种说法,主要包括鸡鸣山说、兰家山说、紫蓬山说、小蜀山说、将军岭说和乱流说等6说,以及近代的长岗说和长丰多源说。2010年最终的考察结论为:南淝河正源为董铺水库上游河道北源右支,始于江淮分水岭东南侧,跨肥西长丰两县交界处。南淝河最初形成地表水流的源头部分为江淮分水岭东南侧的肥西和长丰两县交界区域,肥西县高刘镇岗北村何老家西北侧的红石桥。
南淝河与东淝河在古代皆被称为肥(淝)水,它们一入江,一入淮,孕育了合肥与寿春这两座历史名城。合肥之名即由此水而来;“淝水之战”更使淝水闻名天下。其中南淝河,又名施水,穿合肥市而过,经过巢湖流入长江,为合肥的“母亲河”。