医院设有行政职能部门28个，研究(实验)室12个，业务科室45个，其中：山东省特色专科2个（烧伤整形外科 、急救创伤中心）；济南市重点科室5个（烧伤整形外科、血液净化中心、生物治疗中心、神经外科、急救创伤中心）；医院重点科室5个（眼科、神经内科、心内科、内分泌科、耳鼻喉科）。
山东省耳鼻喉医院在技术经验设备上都是顶尖的
