你的这个问题问的很好！
今日（こんにち）は是一个常用短语，当は做提示主语时就要会念wa。这个是很多老师给学生都会讲的问题。另外就是在习惯语中也有念wa的情况，这个句子就是其中之一。所以你可以理解成是日本人的习惯导致。
楼主知道こんにちは是怎么演变来的吗，
こんにちは是由今日（こんにち）は 来的，演变到后来就表示你好的意思了。
同理，こんばんは也是今晚は演变来的。
知道了他们的由来，就可以解释は念成wa的原因了。
再多教你一点吧：为什么おはよう就是早上好的意思呢？别说书上就是那么教的，这是有原因的，是お早（haya）う演变来的，后来经过口语化，はやう变成了はよう也就是今天的早上好おはよう。
念wa是因为他是助词不算是单字的一部份
基本上は这个字作助词用时就一律念wa不念ha
は在这里是语气助词，因此读wa，只有在单词中才读ha
こんにちは的语源是 今日はご机嫌いかがですか 后面的句子省略了后剩下今日は 所以就这样读出来こんにちは了
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