保函和信用证都是银行根据客户的要求出具的有条件的付款承诺书，这是其相同点，不同点在于：信用证是正常的付款工具，在提交了符合信用证规定的单据之后，开证行就会付款。
而保函则不然，保函是在其出具申请人所承诺的付款失败时的补救措施。也就是说保函并不是用于正常付款的，而是以银行的信誉担保：一旦付款方未能按时付款，出具保函的银行将按照保函的约定向受益人付款。
简单说：保函只保证其中一方违约后，另一方按照保函的约定向第一方委托的银行（即出具保函的银行）申请索赔，索赔成功后银行会将相应款项打给索赔方。常见的保函有履约保函、预付款保函、质保保函，投标保证金保函。需要说明的是保函不是结算方式。
信用证是国际通用的三种结算方式之一，这是通过买卖双方通过银行的担保做业务，卖方只要向银行提交了信用证要求的文件并且经银行审核无不符点之后即可收到货款，而买方从银行取得文件进而拿到货物。
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