上海理工大学的光学工程、系统科学两个学科在教育部第三轮学科评估中入围全国前10。其中光学工程还是国家级重点培育专业。此外，在医疗器械工程、印刷出版方面名气也很大。还有热能工程、工程热物理、系统工程、系统分析与集、动力机械与工程热物理、制冷与低温工程、管理科学与工程等，也是省级的重点专业。
请参考该校硕士点和博士点分布，既有博士授予权又有硕士授予权的专业可定义为王牌专业
