A、主动运输过程需要消耗能量，能量由ATP提供，ATP脱去一个磷酸基团产生一分子磷酸和一分子ADP，因此乙（ADP）的含量会明显增多，A错误；
B、由于酶具有专一性，因此催化甲→乙和乙→丙过程中酶种类不同，因此它们的空间结构也不同，B错误；
C、丙就是ATP脱去两个磷酸基团，还剩一个磷酸基团，因此还含有一个磷酸键，C错误；
D、丁就是ATP脱去三个磷酸基团（戊），即为腺苷，腺苷是由腺嘌呤和核糖组成，而磷酸基团是ATP合成的原料，D正确．
故选：D．
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