PCR 产生比目的片段小的片段，这是怎么回事，怎么样处理？

你两次实验的PCR模板是否同一个样本？如果是同一个样本，那就说明你的PCR试剂或者引物有问题，更换
如果不是同一个样本，就再做一次实验
把曾经扩增出目的片段的那个DNA或cDNA样本，现在扩增片段小于目的片段的样本，两个样本一起再做一次PCR，比较一下结果就知道了。
如果两个都做不出来说明你的引物或者PCR试剂有问题
如果第一个做出来，第二个做不出来，那就是第二个不表达这个基因或者表达量很低。

不是为了纯化pcr产物。
你要知道整个分子克隆操作是要干什么，一般来说，我们觉得某一片段有用，才会pcr获取它，然后怎么用呢？当然要连接到载体上，形成带有pcr目标片段的质粒，将这个质粒导入受体菌，才能检测这个片段的活性、作用等等，只有一段pcr产物，是没有生物活性的，没有什么用。

前后所用的PCR试剂是不是都一样？如果一样那可能是引物的问题。
扩增得到的片段很小，那可能是引物二聚体，重新设计引物或者改善一下PCR反应体系中的一些离子浓度等，或改变一下退火温度。
试试热启动PCR或降落PCR来扩增目的片段

1. primer problem. Unspecific amplification. Redesign.
2. Optimize PCR condition
3. Sequenced that little band see whether it's your problem or the database problem.

引物选错了？