你说的例如：首期服务3年，如有违约，交纳违约金3000元。这是协议书的约定，也就是说你有义务在毕业后和该公司签3年约，不签的要交3000元。一旦正式签合同后，协议书自动失效，以后的离职等事情以合同中重新约定的为准。就业协议书的有效期是单位报到后。不需要相关法律依据了，就业协议书的说明里写的很清楚的，你问学校就业指导中心也是这个答案。
