公司可以从生育津贴里面扣除已经垫付的款项。职工生育期间享受生育保险待遇，公司可以不支付工资及其社保费用（个人缴纳部分）。生育保险津贴是90天产假加上晚育假30天，还有15天剖腹产假。生育津贴除了扣除公司垫付的以外，其他应该全额支付给该职工，公司没有权利扣除生育保险。你可以看看生育保险规定。
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