蛋壳表面的微生物污染比较严重，其中有杆菌、球菌、芽孢菌、酵母菌和霉菌等，这些微生物有致病性的，也有非致病性的。蛋壳表面的微生物来源有内源性污染及外源性污染两个途径，内源性污染是患病家禽或隐性感染家禽所产蛋，在通过输卵管和泄殖腔时被污染的；外源性污染主要是由于蛋产出后被不洁产蛋箱、垫料、粪便等污染。据测定，刚产下的蛋，蛋壳上约有100～300个细菌，产下15分钟后增加到500～600个，1小时后达4660～5000个，其繁殖速度与保存温度、空气相对湿度、污染程度等有关。此外，在蛋的形成过程中，家禽体内的某些微生物，也可进入蛋内。在蛋产出后，由于蛋壳上的小气孔吸气，蛋壳表面的微生物也被吸入蛋内。这些微生物不但影响种蛋的孵化率、商品率，而且会污染孵化场，引起死胚或孵出弱、病雏。所以必须对种蛋进行消毒，且以对刚产出的蛋立即进行消毒（在细菌侵入蛋内之前）效果为更好。
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