A．X和Y的价电子数目不相等，二者性质不同，故A错误；
B．原子核外M层上仅有两个电子的X为Mg元素，原子核外N层上仅有两个电子的Y可能为Ca、Sc、Ti、V、Fe、Co、Ni、Zn等元素，价电子数不同，性质不相同，故B错误；
C.2p轨道上有三个未成对的电子的X原子是N原子，3p轨道上有三个未成对的电子的Y原子是P原子，二者位于周期表同一主族，最外层电子数相同，性质相似，故C正确；
D．最外层都只有一个电子的X、Y原子，可能为H与碱金属元素，性质有相似地方，都具有还原性，但与ⅠB族元素性质不同，虽然最外层也有1个电子，故D错误；
故选C．
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