一、形成方式不同
1、毛霉：以孢囊孢子和接合孢子繁殖，在土壤、粪便、禾草及空气等环境中存在。
2、匍匐菌丝：真菌在固体基质上常形成与表面平行具有延伸功能的菌丝。
二、生长环境不同
1、毛霉：毛霉在土壤、粪便、禾草及空气等环境中存在。在高温、高湿度以及通风不良的条件下生长良好。
2、匍匐菌丝：在固体基质表面上的营养菌丝，分化成匍匐菌丝，隔一段距离在其上长出假根伸入基质和孢囊梗，而新的匍匐菌丝再不断向前延伸，以形成不断扩展的、大小没有限制的菌苔。
三、用途不同
1、毛霉：常出现在酒药中，能糖化淀粉并能生成少量乙醇，产生蛋白酶，有分解大豆蛋白的能力，我国多用来做豆腐乳、豆豉。
2、匍匐菌丝：能产生草酸、乳酸、琥珀酸及甘油等，有的毛霉能产生脂肪酶、果胶酶、凝乳酶等。
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