农村自来水工程那个部门管

这个问题没办法完全回答，因为各地的情况不一样，但是大同小异，我把具体的情况和你说一下，你根据你当地的情况去找吧
一、一般来讲，自来水的制造只有本地的城市供水企业，农村不具备建造水厂，生产符合饮用标准的自来水的条件，因此，你当地的自来水肯定是城市供水企业提供的。
二、比如我市（具体不说了）的农村自来水就是城市供水企业生产，但由市水利局下属单位“农村饮用水办公室”管理的，他和供水企业的关系是合作关系，管网由水利局铺设，收费也是农村饮用水办公室管理，收取的水费由农村饮用水办公室向自来水公司缴纳，并支付管理成本。
三、也由部分城郊用户是由城市供水企业直接管理的，或者委托区域供水企业管理（区域供水企业不是自来水公司，只是合作关系，情况和农村饮用水办公室差不多，但是私有化的）。
鉴于我国农村自来水管理的特殊性，以上3类都可以是农村自来水的管理部门，不会有其他部门，但具体到你所在片区就要咨询了，但是不管上述关系如何，对用自来水用户来讲，只要确定了哪个单位管理你的片区，他都是自来水管理的直接部门，这是没的扯的。他如果再牵扯其他部门也是没道理的了。
我是某市供水企业专业人士，可能回答的问题有些复杂，请见谅