发病初期可用100～200毫克／公斤硫酸链霉素，或30％BT可湿性粉剂500倍液，或77％可杀得可湿性微粒粉剂500倍液，或14％络氨铜水剂300倍液，每7～10天喷洒一次，连续防治3次，效果较好。
也可在定植淋定根水时就淋药液，此时所需药液量较少，每株淋250ml，隔5－7天淋一次，连续3次，可有效保护根部，到开花初期再加强2次，可有效控制此病发生；发病初期重点施药，采用灌根法，每株淋500ml，同时要及时拔除病株，灌溉时禁止漫灌，避免病菌扩散。
青枯病又被称为辣椒的“癌症”，做好这几点，可以有效防治
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