构建ML树可以使用PHYML，速度最快。
或者使用Tree-puzzle，速度也较快，并且该程序做蛋白质序列的进化树效果比较好。
而PAML则并不适合构建进化树。
ML的模型选择是看构出的树的likelihood值，从参数少，简单的模型试起，到likelihood值最大为止。
ML也可以使用 PAUP或者PHYLIP来构建。
这里作者推荐的工具是BioEdit。
BioEdit集成了一些PHYLIP的程序，用来构建进化树。
Tree- puzzle是另外一个不错的选择，不过该程序是命令行格式的，需要学习DOS命令。
PHYML的不足之处是没有win32的版本，只有适用于64位的版本，因此不推荐使用。
值得注意的是，构建ML树，不需要事先的多序列比对，而直接使用FASTA格式的序列即可。
内容全部来源于网络收集，如有侵权，请联系网站删除：QQ：24596024