保护小股东的合法权益的方式是：
第一，中小股东享有知情权。《公司法》第34条规定：股东有权查阅、复制公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告。此外，股东有权查阅公司会计账簿，在被拒绝后可请求法院要求公司提供查阅。此外，《公司法》第117条规定：公司应当定期向股东披露董事、监事、高级管理人员从公司获得报酬的情况。这些都有利于中小股东了解公司的情况和信息，从而能够及时维护自身利益。
第二，股份有限公司股东享有提案权。
第三，可以实行累计投票制。《公司法》第106条规定：，股东大会选举董事、监事时，每一股份拥有与应选董事或者监事人数相同的表决权，股东拥有的表决权可以集中使用。这样做的目的在于防止大股东利用其表决权优势操纵董事选举，纠正以前的表决弊端。
第四，中小股东诉讼权。
第五，独立董事制度间接保护中小股东利益。《公司法》第123条规定：上市公司设立独立董事，具体办法由国务院规定。独立董事制度是确保董事会独立性和正确性，间接保护中小股东的利益。
第六，利害关系股东表决权被限制或排除。
第七，异议股东享有股份收买请求权。
