抑制出口，扭曲对外贸易结构。增值税是由中央、省、市、县四级政府分享，因此，要地方政府分担出口退税，不仅要确定中央与省级政府的比例，而且要确定省、市、县政府的比例。对于出口企业所在地来说，除了极个别的初级产品外，绝大多数产品都将含有外地成分，这就意味着，不管是收购产品或者本地产品出口，出口所在地企业都要承担出口退税。比如，我是内蒙古的企业，在北京采购了原料，在内蒙古出口，25%的增值税收入就由北京地方政府拿了，而出口时，出口退税超基数部分的25%要内蒙古政府承担，这在政策上就有失公平。那么，有的地方政府会从自身利益出发，或者限制出口，或者拖欠出口退税，这样会沉重打击出口。另外，由于出口越多，出口地分担的出口退税越多，因此出口地政府不仅会限制收购外地产品出口，而且将限制使用外地原材料，不仅会削弱外贸中心城市的竞争力，同时还会恶化出口产品结构。由于大量上游料件的出口，将使我国出口总体的产品出现低度化。另外还会给企业带来政策性亏损：企业事先签的合同，本来可以有利润，因退税率的下调变成亏损生意。
取得进项税减少，相应的退税额也会减少。
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