A、真核生物中不具有叶绿体的细胞没有与光合作用有关的色素和酶，所以不能进行光合作用，A错误；
B、叶绿素主要存在于叶绿体中，但原核生物如蓝藻细胞中也有叶绿素，但没有叶绿体结构，B错误；
C、在线粒体和叶绿体中都有[H]产生，但它们的功能不同．前者产生的[H]与氧结合生成水，后者产生的[H]用于暗反应中还原三碳化合物，C错误；
D、真核生物中不含有线粒体的细胞只能进行厌氧呼吸，而原核生物中不含有线粒体的细胞能进行肠有氧呼吸，如蓝藻细胞等，D正确．
故选：D．
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