灵活就业与签订就业协议书的区别主要在于社保交费的承担方式上，灵活就业交纳社保的费用全额自担；有就业协议则用人单位承担大部分，个人承担小部分。同时灵活就业人员无法交纳工伤、生育、失业保险，有就业协议的由单位承担以上三险的交费费用，个人只交失业保险的0.5%（过去是1%）。
1、灵活就业一般用于无法签就业协议或者单位无法保管档案（包括户口)等情况时使用，无单位开具录用证明或者直接签订劳动合同证明就业，成为灵活就业
2、签协议九嶷山用于单位能够保管档案等，毕业时由单位接收档案、户口等材料，并进行管理
3、如果单位不接受，就无需签三方协议，只能以灵活就业方式就业，户口和档案转回原籍。
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