对于蛋白质的序列，一般选择Poisson Correction（泊松修正）这一模型。而对于核酸序列，一般选择Kimura 2-parameter（Kimura-2参数）模型。如果对各种模型的理解并不深入，并不推荐初学者使用其他复杂的模型。你上面提到的应该都是做nucleotide序列分析时用的模型，想深入了解每种模型得参阅相关文献了，我做蛋白分析比较多，一般用Poisson Correction（默认的）。
