可以，寺庙的当家”也就是法律上所称的“宗教活动场所主要教职”宗教局即“宗教事务部门”，佛教协会是佛教团体的指导社会组织，寺庙就是宗教团体。《宗教事务条例》第二十八条规定“宗教教职人员担任或者离任宗教活动场所主要教职，经本宗教的宗教团体同意后，报县级以上宗教事务部门备案。”也就是说，寺庙方丈不是基于行政任命，而是由通过本团体章程决定产生，宗教事务部门只不过是登记备案。，无权任命和干预主要教职任免。
即使“寺庙的当家”违反清规戒律，《宗教事务条例》第四十五条明确规定 “宗教教职人员在宗教教务活动中违反法律、法规或者规章的，除依法追究有关的法律责任外，由宗教事务部门建议有关的宗教团体取消其宗教教职人员身份。”根据规定，消其宗教教职人员身份，宗教局只有建议权，没有决定权。其决定权在本宗教团体（即寺庙），寺庙僧众按照本团体章程免除其职务。
当地佛教协会作为指导组织，更无权干涉寺庙人事管理问题。
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