贪污案件应当由哪个机关立案侦查

由检察院立案侦查。

《刑诉法》规定的管辖权：

第十八条第二款：贪污贿赂犯罪，国家工作人员的渎职犯罪，国家机关工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、报复陷害、非法搜查的侵犯公民人身权利的犯罪以及侵犯公民民主权利的犯罪，由人民检察院立案侦查。对于国家机关工作人员利用职权实施的其他重大的犯罪案件，需要由人民检察院直接受理的时候，经省级以上人民检察院决定，可以由人民检察院立案侦查。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第十八条规定：“刑事案件的侦查由公安机关进行，法律另有规定的除外。”根据这一规定，结合刑法和有关法律，除下列案件和情形外，其余刑事案件有公安机关管辖：
（一）间谍案（刑法第110条规定的），由国家安全机关管辖。
（二）贪污贿赂案（刑法分则第八章规定的）、渎职案（刑法分则第九章规定的）、监管人员虐待被监管人案（刑法第248条规定的），以及国家机关工作人员利用职权实施的非法拘禁案（刑法第238条规定的）、刑讯逼供案（刑法第247条规定的）、暴力取证案（刑法第247条规定的）、报复陷害案（刑法第254条规定的）、非法搜查案（刑法第245条规定的），由人民检察院管辖。
（三）侮辱、诽谤案（刑法第246条规定的，但是严重危害社会秩序和国家利益的除外）、暴力干涉婚姻自由案（刑法第257条第1款规定的）、虐待案（刑法第260条第1款规定的）、侵占案（刑法第270条规定的），由人民检察院直接受理。
（四）被害人对有证据证明的下列轻微刑事案件，直接向人民检察院起诉的，人民法院应依法受理。向公安机关控告的，公安机关应当受理；
1、故意伤害案（刑法第234条第1款规定的）；
2、非法侵入住宅案（刑法第245条规定的）；
3、侵犯通信自由案（刑法第252条规定的）；
4、重婚案（刑法第258条规定的）；
5、遗弃案（刑法第261条规定的）；
6、生产、销售伪劣商品案（刑法分则第三章第一节规定的，但是严重危害社会秩序和国家利益的除外）；
7、侵犯知识产权案（刑法分则第三章第七节规定的，但是严重危害社会秩序和国家利益的除外）；
8、属于刑法分则第四章、第五章规定的，对被告人可能判处三年有期徒刑以下刑罚的刑事案件。
（五）军人违反职责案（刑法分则第十章规定的），以及军队内部发生的其他刑事案件，由军队保卫部门行使侦查权。
（六）罪犯在监狱内犯罪的案件，由监狱进行侦查。
承办对国家工作人员的渎职犯罪和国家机关工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、报复陷害、非法搜查、暴力取证、破坏选举等犯罪进行立案侦查等工作。