A、蓝球藻、念珠藻和颤藻都属于蓝藻，发菜也是一种蓝藻，A正确；B、蓝藻细胞属于原核细胞，其拟核中的环状DNA分子不与蛋白质结合形成染色体，B错误；C、蓝藻细胞不含叶绿体，但含有藻蓝素和叶绿素，是能进行光合作用的自养生物，C正确；D、淡水水域污染、富营养化时，会长出水华，其中有多种蓝藻，D正确．故选：B．
