最确切的方式是去询问日本在华的大使馆啊，入管局即使批下来后，签证也要大使馆去办理的，也不是说你入管局批了，大使馆就一定能给你签证。所以最后一关是大使馆来审批。你现在人在国内，入管局在日本，当然想知道情况就去问大使馆了呗。
并且，签证下来了人都可以不去日本（这是完全合理的，因为你有去的权限不代表你一定要去），那么入管局批示可以办签证，更不代表你一定要入境日本了吧。所以应该没问题。
不放心就问大使馆
你的这个情况实在是太可惜了，入管局批了不去了。以后想再申请如果学校不接收你的话，再申请有些困难。机会是有的，但是谁爱再接收你啊，怕你再失信，人家为你申请下来在留，你占用了一个名额结果 不去了。学校当然不会再接收你。再说你什么时候会再申请 啊，时间长了条件也会变的。还会再批准吗。难了。
不会的，反而因为批下来过所以会更容易。只要下次资料都是齐的就可以。但是必须保证你的日本大学的录取通知书还是有效的
以后一定会有机会去，不过你会有不良的记录
你让中介和学校方面的人解释一下吧，这样好以下，
出面解释应该不会有太大问题吧，我认识一些也是这种情况，都没什么事，也祝你好运
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