这要看你什么情况，一般来说政府部门是不可能无故注销宅基地使用证的，因为这种主动(书面文件)行政行为，一旦出了问题是会被追责的。
注销宅基地使用证的情况有以下几种，如早期的宅基地使用证有证未建房，已经失效。现在的农宅的土地使用证，1、征用后可公告注销，2、建新未拆旧的，不发新证，严格说来，老证也该注销。3、地上房屋灭失（2年以上），土地由村集体收回，老证注销。可能还有其他情形。
这个证件根本没有什么用，注销就注销吧。政府的档案是关键，重中之重的是政府可以重新审批重新做出决定，重新建立档案，给不给证件无关紧要
农村拆迁后，宅基地使用证就作废了。
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