我和女友异地恋，我很在乎她，女友昨天下午三点就说要睡觉了，我五点给她发微信，我说半夜要是醒了，想我

从情理来说你担心是对的，但是从常理来说大半夜的换做是你被人吵醒肯定郁闷，既然她都说了下午要睡觉肯定是累了，即使晚上起来吃过饭或许没吃继续睡觉的大有人在，你不能应为她没回你微信就瞎着急。
12小时？是的或许很长了但是你考虑现在是几点吗。即使睡的够久了，大半夜还不让人不睡觉啊必须起来回你信息吗？或许她也是觉得太晚了怕你也睡着了就没回，明天再回，这不是没有可能。
女人有时候生气是没理由的，而你现在这举动明显是错误的，虽然你是担心人家，但这不是什么大事不是外出出去不回来只是在家休息，但是你没考虑别人感受，你发了两遍想我就打电话，然而你女朋友没打，说明不是睡着没看到就是没想打电话（这原因有很多），为什么不早上再打打问问看？退一万步来说吧说句不好听的即使有事发生了你打这个电话有用吗？其实本身就是是个很小的问题，被你无限放大了，担心过度了。
异地恋本身很苦再加上你又很在乎她，我不知道你女朋友在不在乎你，首先你的心态要端平不要应为一些小事瞎捉摸，你女朋友也这么说了，你动点脑子想一想也不会半夜打电话，白天总比后半夜好。两人要相互信任才行，不过我也劝你做好准备，把自己的心看透，是情还是爱。说句难听异地恋分手居多，应为两人不经常在一起感情就会变淡，电话微信什么的都是扯淡的玩意，不在一起呐心连心的感觉永远不会有，看你怎么继续下一步了。
明天发个短信赔礼道歉吧，就说自己关心则乱了请原谅，一般没事要是还在乎你。
骚年只能帮你这么多了~祝福你

你错在：你打扰了她和别人睡觉。