公司以自己研发申请的专利技术投资入股涉及增值税，税法上无特别规定有税收优惠。
您可以参考一下以下规定：
1、财税〔2013〕37号文件附件3《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点过渡政策的规定》中仅提及了“试点纳税人提供技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务，免征增值税”的优惠，并不涉及投资入股。
2、《个人所得税法实施条例》规定，特许权使用费所得，是指个人提供专利权、商标权、著作权、非专利技术以及其他特许权的使用权取得的所得。自然人以非专利技术使用权投资入股，向公司提供专有技术并取得公司股权，属于提供非专利技术使用权取得其他形式的经济利益(公司股权)，自然人应按“特许权使用费所得”缴纳个人所得税。
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