农村的房子,一般情况下,土地应该是集体所有,你购买房产占用土地应该是宅基地(但这个问题稍微复杂,原则上宅基地是不能出让也不能转让的,只有拥有本村户口才能取得宅基地),所以你也拿不到土地证,但是房子原则应该是你的。如果你有协议,就拿协议到法院起诉,确定房屋的权属。看法院怎么判,如果法院以宅基地不能转让为由确定合同无效,你就可以要求卖方返还购房款,当合同没有签署过。如果确定房屋是你的,你可以取得房屋部分的拆迁款项,就拿着法院判决要求拆迁补偿款(但这种可能性比上一种小的多)。总之先拿着协议到法院起诉吧,法院的判决是有执行力的,你自己跟村里协商村里不会理你的。
农村房屋上还有你家里别人(譬如你的父母)的户口,则按村上别人家的宅基地房一样享受拆迁补偿;如房屋上没有户口,只按房屋评估价实行等价补偿,没有宅基费给付(多是要拿出好多钱才可拿回一套拆迁房)。如是后一种情况,你最好想法迁回一个户口,这样你贴同样的钱差不多可多拿回一套房屋。