波黑共和国独立后﹐波黑境内的克罗地亚族和塞尔维亚族又进一步自行成立独立的波黑克族共和国和波黑塞族共和国,穆斯林原教旨主义者亦要求成立独立的波黑穆斯林共和国,三方不断交火。
1995年底,三方达成代顿和平协议停火。协议规定,波黑继续作为统一的主权国家存在,由穆克联邦(西里尔字母:Херцеговине)和塞族共和国两个实体组成,穆克联邦控制波黑领土51%,塞族控制49%。
波黑塞族共和国获得了49%的“实际控制区”(战前塞族聚居区面积占波黑领土面积51%),被分成东西两部分,中间由波黑的第三政治实体布尔奇科特区(塞尔维亚语:Брчко дистрикт)间隔。法定首都为东萨拉热窝,实际首都巴尼亚卢卡(塞尔维亚语:Бања Лука)。