根管治疗的时候会给做局部麻醉，手术的时候是感觉不到疼痛的，而且去除坏死物质，当做完根管治疗，神经被杀死了之后就不会再感觉疼痛了。
一般情况来说，根管治疗时，在局部麻醉下钻开牙后，如果患者可以忍受，就用带倒刺的针将牙髓神经直接拔除，然后根管里在放入消炎的药棉。在局部麻醉下钻开牙后，在髓室里放入"杀神经"的药物，在药物作用下牙髓神经坏死失去活力，然后在将其拔除。
根管治疗术并非都是一次完成治疗，一般来说，要分2-4次就诊才能完成。 根管治疗期间或完成后可能出现短暂不适，通常服用消炎或止痛药可缓解，局部出现肿痛应告知医生处理。 刚做完根管治疗，牙齿可能会有些术后反应，产生疼痛，但一般3天左右就会过去；对根管充填材料过敏的，治疗后也会产生疼痛；还有牙周病等牙齿周围组织发生炎症时，反应到牙齿的也会是疼痛，但此时已不再是牙神经疼，而是其他组织的炎症引起的疼痛。
由于根管治疗术较繁杂，要求医生必须熟悉牙体结构的解剖知识及熟练操作技术，同时需要专用配套的根管治疗器械及设备和材料，所以专家提醒选择正规的医院和专业的医生才能保证手术效果。
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