拆迁补偿(现在叫征收)是按房产证上的面积来算的。土地是国有的，即使你的土地使用证上的面积大于房产证，也只是给予你多余土地面积，即“地大于房”的一种补贴，标准比较低。最终补偿标准应该按房产证载明的面积来算。
