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两者主要细胞壁结构同
革兰氏阳性菌细胞壁层厚致密肽聚糖磷壁酸组肽聚糖肽链间通5甘氨酸交联着
革兰氏阴性菌细胞壁则层结构内外依：薄薄肽聚糖层脂蛋白层/周质层磷脂层脂糖层革兰氏阴性菌肽聚糖结构革兰氏阳性菌所同肽链直接交联起
细胞壁结构同决定两类细菌革兰氏染色结(阳性紫色阴性红色)同类抗素敏性
革兰氏染色反应呈红色（复染颜色）的细菌称为革兰氏阴性细菌,革兰氏阴性细菌的细胞壁中肽聚糖含量低，而脂类物质含量高，当用乙醇处理时，脂类物质溶解，细胞壁的通透性增加，使结晶紫-碘复合物易被乙醇抽出而脱色，然后又被染上了复染液（番红）的颜色，因此呈现红色。
杆状或类似杆状的细菌为杆菌
革兰氏阴性杆菌：革兰氏染色反应呈红色的杆状或类似杆状的细菌
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