首先，如果双方都不在自己的户籍所在地生活，那么是不能通过协议的方式办理离婚登记手续的。因为，根据新《婚姻登记条例》第10条规定内地居民自愿离婚的，男女双方应当共同到一方当事人常住户口所在地的婚姻记机关办理离婚登记。
其次，如果双方或者被告在东莞生活已经超过一年以上，那么双方可以在东莞采取诉讼的方式离婚的。根据《民事诉讼法》第21条 规定，对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民法院管辖。对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民法院管辖。
另外，根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释 》第十二条规定， 夫妻一方离开住所地超过一年，另一方起诉离婚的案件，可以由原告住所地人民法院管辖。夫妻双方离开住所地超过一年，一方起诉离婚的案件，由被告经常居住地人民法院管辖；没有经常居住地的，由原告起诉时被告居住地人民法院管辖。
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