买卖合同纠纷中拖欠货款的诉讼时效从何时起算

《民法通则》第一百三十五条 向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外。
第一百三十八条 超过诉讼时效期间，当事人自愿履行的，不受诉讼时效限制。
第一百四十条 诉讼时效因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务而中断。从中断时起，诉讼时效期间重新计算。
《民事诉讼时效的司法解释》第五条　当事人约定同一债务分期履行的，诉讼时效期间从最后一期履行期限届满之日起计算。
根据法律规定，买卖合同的诉讼时效从债务人履行期限届满开始计算，一般为两年。因为你们的货款是分期支付的，所以应当按照09年6月的履行期限届满之日起计算两年，也就是11年6月。
如果你们公司在这期间一直没有向对方公司催收过质保金，除非对方自愿履行，否则这部分债权已经过了2年的诉讼时效，即使诉讼，也不能得到法律的保护。
如果这两件期间你们曾有过催收的事实出现（比如催款单、电话催收记录），诉讼时效可以从这个时间开始重新计算2年。
开发票只能证明你们之间有债权债务关系，证明买卖事实的存在，对主张债权没有影响。
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诉讼时效是可以中断的，简单说，债权人催收一次即中断一次，一般买卖合同的诉讼时效从最后一次催收起2年内，但总共不能超过20年。

买卖合同纠纷诉讼时效是三年。《民法总则》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护；有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。