据司马迁说，全书有本纪十二篇，表十篇，书八篇，世家三十篇，列传七十篇，共一百三十篇。班固在《汉书·司马迁传》中提到《史记》缺少十篇。三国魏张晏指出这十篇是《景帝本纪》、《武帝本纪》、《礼书》、《乐书》、《律书》、《汉兴以来将相年表》、《日者列传》、《三王世家》、《龟策列传》、《傅靳列传》。后人大多数不同意张晏的说法，但《史记》残缺是确凿无疑的。
今本《史记》也是一百三十篇，有少数篇章显然不是司马迁的手笔，汉元帝、成帝时的博士褚少孙补写过《史记》，今本《史记》中“褚先生曰“就是他的补作。
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