我公司收到增值税发票，认证后，才发现发票数量有误。

购买方申请时的流程：（不得超过90天的期限）。
1、购买方向其主管税务机关提交申请单。
2、购买方税务机关根据纳税人提交渣亮的申请单，审核后通过红字发票通知单管理系统开具通知单。
3、购买方税务机关开具通知单后，将纸质通知单交给购买方，购买则乎方便可以以适当的方式将纸质的通知单传递给销售方。
4、销售方接收到由购买方传递的纸质通知单，根据通知单的内如盯宽容在防伪税控系统中开具红字发票。

你这个发票已经认证了就不念凯应该退回去给他们了，二联你都要留下保管备查，何况开红冲申请时要带上这个发票一起去。因为已经认证了，所以这个发票你是要做备岁到帐里去的，开出红冲后到时报税里再进项仔滚唤税额转出。
开红冲的程序是，因为你已认证，所以由你方到你方的国税写申请，拿到红冲开具通知单后，寄一份给开发票的公司，他们凭借这个通知单会开个红冲，然后再开个正确的发票。需要他们将红冲二联（发票联/抵扣联）跟重开后的正确发票二联（发票联/抵扣联）寄给你们做帐。红冲不用认证，留着做帐跟备查即可。重开的正确发票正常认证做帐。

步骤如下:

开具红字专用发票的处理流程
企业需要开具红字专用发票时，应先向税务机关提交申请单，税务机关审核并开具通知单后，企业方可开具红字专用发票。根据实际业务需要，可以分为购买方申请开具和销售方申请开具两种情况，其处理流程不同，具体如下。
1．1购买方申请开具
1、开具情况
当出现以下情况时，应由购买方申请开具红字专用发票：
A、购买方获得专用发票认证相符且已进行了抵扣，之后因发生销货退回或销售折让需要做进项税额转出；
B、购买方获得专用发票后因以下问题无法抵扣时；
①专用发票抵扣联、发票联均无法认证；
②专用发票认证结果为纳税人识别号认证不符；
③专用发票认证结果为专用发票代码、号码认证不符；
④所购货物不属于增值税扣税项目范围。
2、开具流程
第一步：购买方顷纯提交申请单
若购买方需要申请开具红字专用发票，购买方应向主管税务机关提交申请液衡单。
第二步：购买方税务机关开具通知单
购买方税务机关根据纳税人提交的申请单，审核后通过红字票通知单管理系统开具通知单。
第三步：购买方将通知单交予销售方
购方税务机关开具通知单后，将纸质通知单交给购买方，购买方即可以适当方式将纸质通知单传递给销售方。
第四步：销售方开具红字专用发票
销售方接收到由购买方传递的纸质通知单，根据通知单的内容在开票子系统中开具红字专用雀埋咐发票。

根据《国家税务总局修改增值税专用发票使用规定的通知》国税发（2006）156号文件规定：
一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》（以下简称《申请单》，附件3）。
《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。
经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，一般纳税人在填报《申岁芹请单》时不填写相对应的蓝字专用发票信息。
主管税务机关对一般纳税人填报的《申请单》进行审核后，出具《开具红字增值税专用发票通知单》（以下简称《通知单》，附件4）。《通知单》应与《申请单》一一对应。
购买方必须暂依《通知单》所列增值税税额从当期进项税额中转出，未抵扣增宏雀笑值税进项税额的可列入当期进项税额，待取得销售方开具的红字专用发票后，与留存的《通知单》一并作为记账凭证。

贵公司收蔽含到销售方开具增值税专用发票经认证后发现数量有误，应当据此文件办理。

你如果9月申请茄蚂纳了红字而没收到红字发颤没票冲销，就会很麻烦，所以你不如先做上账抵扣，10月再申请开红字物笑发票，然后当月再冲销之前的抵扣就行了