如果政府与被补偿人达成了协议，则属于契约（合同）性质，政府不覆行补偿协议，可依法向法院提起民事诉讼。政府的行政行为损害或侵害了当事人权利的，则提起行政诉讼。
房屋征收补偿协议纠纷与民事纠纷中合同纠纷有相同属性，应属民事纠纷诉讼。
房屋征收补偿协议是征收人与被征人通过协商达成一致签订的协议书，并不是政府部门作出的行政决定。若有一方违约只能通过民事诉讼强制履行协议约定，虽然会有民告官情形但不是行政诉讼裁定协议的合法性或撤销协议。
国务院590号令中规定对签订协议后一方不履行协议另一方可诉讼至人民法院，没有明确说明属民事诉讼或行政诉讼，可能因为二个诉讼主体一方是政府另一方是公民或法人与通常民事纠纷中两个平等的民事主体还是有区别的，大家可以理解为特定情形下的民事诉讼。
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