CGI即通用网关接口（Common Gateway Interface），它是一段程序，通俗的讲CGI就象是一座桥，把网页和Web服务器中的执行程序连接起来，它把HTML接收的指令传递给服务器的执行程序，再把服务器执行程序的结果返还给HTML页。CGI 的跨平台性能极佳，几乎可以在任何操作系统上实现。
你说的fastcgi模式的PHP吧，这个是目前主流的PHP模式，有点是速度更快，更独立。
以前的isapi模式是集合到了iis里面，一旦程序池崩溃，或是PHP崩溃，都会相互影响。
但是fastcgi有个缺点，进程可能会很多。
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