A、变异具有多害少利性，大多数染色体结构变异对生物体是不利的，有的甚至会导致生物体死亡，A正确；B、基因重组是原有基因的重新组合，不会产生新基因，B错误；C、三倍体无子西瓜的培育过程的原理是染色体变异，C错误；D、由于DNA分子上的基因是不连续的，DNA中某碱基对改变，不一定引起基因结构的改变，由于密码子具有简并性，基因结构发生改变，具有编码的蛋白质中的氨基酸序列不一定改变，D错误．故选：A．
