你的问题我有两种理解：
1、高考时使用非英语试卷。它和考英语一样，谈不上什么影响，很正常的。
2、参加有外语学院组织的小语种提前考试入取。这些也不一定能影响高考，只考语文、外语（你所学的语种）。达到分数，提前录取。如果你的其他学科一般，语文和外语还可以，就可以试一试，或许是个捷径。当然好些时候竞争比较激烈，可能会使你劳而无功。这大概就是你们老师所说的耽误时间吧！
高考差不多够了，具备了日语N2考试水平者对应《标日》中级的水平。
日语N2考试是国际日本语能力测试2010年改革后推出的中高级别的考试，对应《标日》中级下的水平。具备了日语N2考试水平者将可以通过除日语专业以外的其它考试，诸如考研、考博等，同时也意味着达到了去日本就读语言学校或高中的水平。
小语种~~~印象中走的是跟高考不一样的路线~~~~是会影响高考的
建议要么全力攻小语种（其实基本就是放弃高考）
要么以高考为主 小语种能学多少就多少
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