可能原因：
1.PCR扩增的是假克隆，因为PCR验证的可靠性不稳定。
2.质粒中酶切位点变异
你可以做如下实验：
1.看重组质粒的大小是不是比原始质粒大
2.用提出的质粒做pcr，这样比较可靠，用细菌做pcr的假阳性极高
3.用别的酶再试一下，是否能切出目的片段。
祝实验成功
2中可能，1种是你的抗生素失效了，长出来都是没质粒的菌；另1种是你转化进感受态的都是空质粒。
PCR扩增有目的条带可能是因为连接产物残留的PCR片段在平板上引起的假阳性。
1)把提取的质粒和空质粒一起电泳 看是不是比空质粒大
或者找一个质粒上的酶切位点酶切提取的质粒和原始质粒 再电泳观察提取的质粒是否比原始质粒大
2)菌液PCR的假阳性经常出现 用质粒PCR扩增看是否有目的条带
3）最直接的办法就是去测序了 一两天的时间就出结果 一个反应二三十元 很方便
单酶切切还是双酶切??菌落PCR不是很准确,单酶切是应该只有一个目的条带啊,你其额定酶是好的吗??同意提质粒做PCR
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