1583年（明朝万历十一年）古埒城主阿台与明朝军队因走失羊群归属发生械斗。辽东总兵李成梁奉旨平乱。24岁的努尔哈赤现在是辽东总兵李成梁的侍卫，年轻时被父亲建州女真都督塔克世赶出了家门，抚顺富商佟庄主将其收留做了上门女婿，他的妻子佟佳氏是佟庄主的独生女儿，生有一子褚英。
这天，佟庄主病情突然加重，佟庄主临终前紧紧拉着努尔哈赤的手，要努尔哈赤对他说实话：你到底是不是孤儿？你的家到底在哪里？努尔哈赤迟疑再三，并未说出真情，佟庄主停止了呼吸……
佟佳氏虽然悲痛欲绝，却冷冷告诉努尔哈赤，佟家庄园太小，容不下他这个都督的儿子。努尔哈赤悲急交加，发重誓今生今世绝不再骗妻子！就在此时，李成梁派侍卫来叫努尔哈赤速去总兵府。努尔哈赤经不住侍卫催促，只得匆匆离去……
李成梁命令努尔哈赤到山海关去接刚刚在京城考上武状元的儿子李如柏，并且去寻找因为逃婚而离家出走的叶赫第一美女东哥。努尔哈赤率众侍卫赶往山海关，路遇东哥，初次见面努尔哈赤已经被东哥深深地吸引，情急之下努尔哈赤放走了东哥……
李如柏得知父亲率军出征，夜走山路要赶往阵前立功，结果连人带马摔下山崖，幸好努尔哈赤早有防备，舍命救下李如柏。李如柏新娶的小妾那齐娅是图伦城主尼堪外兰的女儿，那齐娅对努尔哈赤的为人和身手钦佩不已，不由得顿生爱慕之情……
图伦城主尼堪外兰向李成梁报告古埒城主阿台图谋造反，李成梁率军包围古埒城，尼堪外兰说建州都督塔克世和父亲觉昌安率军前来支援，并献上破城之计，李成梁同意，但叮嘱尼堪外兰，塔克世是皇上钦封的二品都督，破城时要千万留意。 努尔哈赤和李如柏火速赶往古埒城，而此时塔克世和觉昌安已经被尼堪外兰设计死于乱军之中。
太祖秘史分集剧情介绍 第2集 搜视网tvsou.com
努尔哈赤和李如柏赶到古埒城前，但为时已晚，古埒城已被明军攻破，满街尸体。李成梁中军帐内，李成梁正为塔克世和觉昌安的死向尼堪外兰发脾气。尼堪外兰百般解释二人死于乱军之中，推托与自己的干系，并向李成梁密告，塔克世的长子长年在外，叫努尔哈赤。李成梁一惊，想不到努尔哈赤现在跟自己又有了杀父之仇。
努尔哈赤在中军帐前，发现自己的父亲和爷爷的尸体，并且从觉昌安的口中得知仇人正是尼堪外兰，努而哈赤大怒，拿出刀欲杀尼堪外兰，那齐娅舍命救下自己的父亲，坐山观虎斗的李成梁无奈示意众侍卫抓住努尔哈赤……
李成梁来牢中看望努尔哈赤。他告诉努尔哈赤自己不能不杀他，努尔哈赤提出要先报仇，再受死，李成梁拒绝，但答应迟早会收拾这个反复无常的小人。
那其娅心中一直爱着努尔哈赤，她不愿努尔哈赤就这样被杀，于是说服了李如柏，李如柏以报救命之恩为名放了努尔哈赤。
李成梁得知努尔哈赤逃走大怒，派兵包围了佟家庄园。努尔哈赤躲过各路追兵，向纳林贝勒和金台吉贝勒借人马攻占图伦城，截杀尼堪外兰。纳林已经盘算把东哥嫁给尼堪外兰，但东哥宁死不从。虽然纳林假意答应努尔哈赤，但说他的骑兵正在外打猎，要努尔哈赤等几天。努很郁闷地喝酒，半醉半醒间东哥来看他，东哥决定帮努尔哈赤渡过难关。
东哥偶遇努尔哈赤的弟弟舒尔哈齐，并和舒尔哈齐一起吹箫，东哥掩饰不住对他的好感。纳林打算要用努尔哈赤换尼堪外兰的几个城池，于是把努尔哈赤抓了起来，准备交给尼堪外兰，金台吉得知后迅速告诉东哥，舒尔哈齐准备救哥哥，东哥劝他不要冲动，让舒尔哈齐用自己当人质，要挟自己的哥哥纳林，救出努尔哈赤。按照东哥的方法舒尔哈齐胁迫着她来到纳林的面前，没想到纳林却不为之所动，东哥用刀将自己刺成重伤，迫使纳林放了努尔哈赤。
太祖秘史分集剧情介绍 第3集 搜视网tvsou.com
纳林虽然再次起了杀努尔哈赤兄弟的念头，但是努尔哈赤据理力争，并且详细地分析女真各部的形势，这才让自己和舒尔哈齐转危为安。纳林最终同意放了两兄弟，但是不会借给他们一兵一卒，去对抗尼堪外兰。
努尔哈赤，舒尔哈齐兄弟二人与重伤的东哥告别，努尔哈赤断刀为盟，立下誓言，永不辜负东哥对自己的恩情。努尔哈赤对弟弟说，他要化敌为友，要利用李成梁这个仇人，把他当成靠山。努尔哈赤回到抚顺见李成梁。努尔哈赤告诉舒尔哈齐自己如果回不来，就要弟弟照顾东哥一辈子。并且向弟弟袒露自己对东哥的爱慕，早已深爱东哥的舒尔哈齐陷入两难的境地。
努尔哈赤独自来到李成梁处，见到了被押为人质的佟夫人和儿子，原来李成梁老谋深算，早把努尔哈赤的家人扣为人质，以便作为日后要挟努尔哈赤的资本，对此努尔哈赤虽然感到惊讶，却没有对佟佳氏表现出应有的关心和疼爱，此时他的心里一直想着如何复仇。努尔哈赤要李成梁举荐他接替其父建州都督的位置，条件是努不再追究以往二人的宿怨，并让自己的儿子褚英做他的人质。李成梁同意了他的要求，并用剑将其手上的铁链砍去。努尔哈赤和舒尔哈齐再度重逢，二人决定重回建州城，重振祖宗基业。
努尔哈赤和舒尔哈齐回到都督府看到府内一片萧条，众乡邻都质疑他二人的能力。努尔哈赤与舒尔哈齐共同承担起了重建建州的重任，令乡邻刮目相看。努尔哈赤与舒尔哈齐找出仅存的十三幅盔甲，对天盟誓，不报家仇，誓不为人！夜间一伙黑衣人偷袭努尔哈赤兄弟，他们奋力拼杀脱离险境。次日有图伦军队要谋害兄弟俩，二人浴血奋战。
太祖秘史分集剧情介绍 第4集 搜视网tvsou.com
努尔哈赤和弟弟舒尔哈齐竭尽全力与敌人拼杀，不料被图伦兵将他二人团团围住，正在危难关头佟家五兄弟率领庄丁前来投奔努尔哈赤，将图伦兵射死。
与此同时，佟佳氏收拾好行李，看着佟家庄园烧成一片火海。转而，佟佳氏带着佟春儿来到建州都督府来投奔努尔哈赤，努向佟佳氏询问儿子褚英的情况，向佟佳氏保证杀掉尼堪外兰后一定将儿子接回来。图伦城外，努决定不能硬打要巧妙装扮成商人骗开城门，兄弟们都争先去骗开城门，努尔哈赤坚决亲自出马。先头部队杀死守城的士兵，后面佟家五兄弟带领众兵杀入城内，图伦军四散逃窜，舒尔哈齐询问到尼堪外兰的住处。带领众兵前去。
尼堪外兰的家里，二十四口女人和孩子哭声喊声混成一片，努尔哈赤怒火中烧准备将尼堪外兰的家人全部杀死。这时，那齐娅突然来到，请求努尔哈赤不要杀死她的家人，此时努尔哈赤已经被复仇的火焰充满了胸膛，努下令处决尼堪外兰一家，那齐娅冲上前去要和家人死在一起，努将其拉出来。这时舒尔哈齐跪在地上求哥哥手下留情。
努尔哈赤让弟弟起身，清点尼堪外兰的家人，共二十四口，他说今天是他打胜的第一仗不能没有人祭旗，于是他让舒尔哈齐从俘虏中挑选老弱病残用来祭旗。那齐娅看着这一幕坦率地对努尔哈赤说：你太残忍了！努说：你担心你的父亲了？那齐娅镇定地说我是担心我父亲以后会是谁。那齐娅有种预感，在将来的日子里整个辽东都不会有安宁的日子，所有不臣服努尔哈赤的人都将血流成河。
这一仗刚刚结束，还没有喘息的机会，尼堪外兰率领两万人马向建州攻来，努尔哈赤急忙想对策，唯一的办法就是到叶赫借兵，他把这个任务交给了舒尔哈齐。舒尔哈齐赶忙起身，去找纳林。舒尔哈齐来到东哥府上，看到东哥正在吹箫，东哥见到舒尔哈齐扑到了他的怀里，为了帮助努尔哈赤，东哥决定亲自去见纳林，舒尔哈齐与东哥四目深情相对，思念之情化成了一行行流淌的泪水……
太祖秘史分集剧情介绍 第5集 搜视网tvsou.com
东哥劝舒尔哈齐放弃复仇和战争，俩人一起去过幸福的生活。舒尔哈齐却只委婉地询问东哥对哥哥的看法。舒尔哈齐带着礼物见了纳林和金台吉，纳林不肯答应借兵，直到东哥跪地请求的时候，他才诡秘地说：可以借兵但有一个条件，就是将妹妹东哥嫁给努尔哈赤。东哥和舒尔哈齐听后都深受打击，无奈之下东哥说出她爱的人是舒尔哈齐不是努尔哈赤。而纳林给的答复却是谁是建州都督就将妹妹嫁给谁。舒尔哈齐含着眼泪在契约上画押。
东哥不愿意听从哥哥的安排，乔装准备去找努尔哈赤说出她的心声。努尔哈赤与敌人浴血奋战，但寡不敌众，就在危急时刻，舒尔哈齐带着叶赫援军赶到，击退了敌军。
都督府努尔哈赤设宴与舒尔哈齐金台吉庆祝胜利。叶赫的五千骑兵吓退了尼堪外兰的蒙古援兵。努尔哈赤向舒尔哈齐表示谢意，承诺将来要让他做副都督。
努尔哈赤突然问舒尔哈齐有没有替他向东哥求婚，舒尔哈齐只好点头，金台吉说要努尔哈赤下正式的聘书才可以迎娶他的妹妹。努尔哈赤兴奋地表示同意。金台吉劝舒尔哈齐立即取代努尔哈赤，舒尔哈齐当即拒绝，舒尔哈齐认为胸怀坦荡的努尔哈赤绝对不会像狡猾的纳林，二人争执不休，开始比武，中途他们却又扔下兵器抱头痛哭。努尔哈赤已经得到二品都督的位置，但仍然要儿子去做人质，与佟佳氏争吵，努尔哈赤质问佟佳氏是要儿子还是要他，佟佳氏愤然说要儿子。这句话深深伤害了努尔哈赤。
舒尔哈齐来找努尔哈赤，舒尔哈齐听着哥哥的大志不由得肃然起敬，决定要全力以赴帮助哥哥实现宏图大志，当即拿出和约，努尔哈赤看了以后非常高兴，立刻准备聘礼。
东哥在建州城外，遇到了哥哥金台吉，金台吉将舒尔哈齐的表现告诉东哥，东哥却坚信努尔哈赤会成全了自己。
努尔哈赤如愿接到了皇帝的诏书，设宴款待李成梁，席间提起褚英，努尔哈赤会意，舒尔哈齐却与李成梁争辩，最终李成梁答应两年后放回褚英。努尔哈赤将褚英交给了李成梁。
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