反舰导弹击中军舰哪些部位才能保证一击毙命

首先是要搞清将要攻打的舰只的结构详图。之后要根据具体的任务目标进行规划，确定打击位置。如果要彻底摧毁舰只，则用穿甲高爆型的反舰导弹，击中弹药舱，这样整个舰艇会在瞬间报废。如果是为了俘获敌方的舰只为己用，则需要用低压弹攻击动力舱，这样可使舰只受到最小的损害而获得最大的效果，敌舰不能动了。但是如果是核动力的就不行了。关于航母，一般是舰队编队航行，如果只发射几枚反舰导弹会被拦截的，要进行饱和式攻击，使敌舰的雷达火控系统负载过大而瘫痪。并且不是攻击机库，而是攻击甲板，因为攻击机库有可能引起反应堆事故，而攻击甲板的损害最小，但是甲板损毁飞机就无法起飞，航母就是靶子，毫无反击之力。
你的附加问题我这里有呀。

燃料舱，弹药舱，还有发动机部分，航母的机库，这些地方容易爆炸。

航母一弹解决必须打到弹药库，但是就算是P700花岗岩导弹打美国也很难一弹打穿到弹药库，不过相40000吨以下的航母用P700还是有可能，驱逐舰用稍微大一点的反舰导弹（至少比飞鱼大，）都可以打沉，如果驱逐舰员的训练较少，任何正常工作的反舰导弹都可以轻易击沉驱逐舰，马岛海战阿空军一架军旗攻击机用一枚飞鱼导弹击沉了英军谢菲尔德号驱逐舰，弹头还是坏的。一弹解决不是打沉吗？
想俘获就打坏它的通信系统和动力系统，然后在保证对方没有支援的情况下，派特种兵登舰。

打中舰艇的中部龙骨的部分，使舰艇内部失去支撑就能摧毁舰艇

我不知道你说的一击毙命是指一枚导弹搞定还是一次攻击波搞定。如果是前一种，对于航空母舰以下的，只要击中动力室和弹药仓之类的，并且导弹的战斗部足够的话可以秒杀，象中国的SS-N-22，老毛子的花岗岩，玄武岩，这些玩意体重都4，5吨以上，末端加速到2M时的动能就很可观的。而航空母舰就难说了，大叔的尼米滋有23道水密隔仓，HY-100也不是吃素的，一枚是怎么也搞不定的，如果你非要用弹道导弹我也没话说。当然阿三的维兰特就是另一码事了，可以追溯到2战时的老古董，就算再升级，母鸡也变不了凤凰。回到问题，这里又有疑问了，毙命是击沉还是丧失战斗力。。。。