对于商标权，著作权具有在先性。如果著作权人认为商标权人的注册商标是从其作品直接或间接而来，并未经其许可，著作权人就可以要求商标权人停止使用该商标；同时，如果商标权人的注册合法，商标权人就可以在商标主管机关未撤销其注册商标之前继续使用该商标。这样，著作权与商标权的冲突就不可避免。
《商标法》和《商标法实施细则》明文规定保护合法的在先权利，如果通过侵犯他人合法的在先权利包括著作权取得商标注册，商标主管机关应撤销该注册商标，但《著作权法》却没有相应的规定。从立法上和实践中妥善解决两者之间的冲突，是非常必要的。目前，也不乏著作权和商标权冲突的事例。一般来说，在保护在先著作权的同时，应当注意保护商标注册人的合法权利，具体处理方式，可以在实践中逐步探索，并上升到立法予以规范。
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