巴塘县最知名的河是金沙江,本县境内河流均属金沙江水系。金沙江由北向南贯穿县境西部。
金沙江在巴塘县全长167.1公里,平均流量为943立方米/秒,年总径流量为297.19亿立方米。巴曲发源于扎金甲博冰川之下。定曲发源于波密乡哈日拉西侧,巴塘县内流长116.19公里。巴塘县还有大小湖泊107个,小河溪流50余条,其中集水面积在100平方公里的有19条;可利用河川年径流量达19.6亿立方米。
巴塘没有河流,但巴塘县境内有金沙江、巴楚河、打西河、白河等。其中,金沙江是巴塘县的母亲河,境内流长42公里,有丰富的水资源,以及水能资源。此外,巴塘县还有其他的河流,如巴楚河、打西河、白河等,这些河流为巴塘县的生态环境和农业生产提供了重要的支撑。