工商营业执照上的经营范围，特别是第一项内容决定了你的主营税种。2013年5月时，如果你公司主营技术开发，那么主体税种就是营业税，企业所得税应在地税缴纳；但之后主营批发，主体税种就应是增值税，加上营改增扩围，即使你的主营依旧是技术开发，在2014年也应移交国税。
你们公司有两点处理不当：一是主营范围变更后没有及时到工商和税务变更，二是营改增之后，你公司的营业税改为增值税，在国税缴纳，但所得税依旧在地税缴纳，不应在国税重复登记所得税税种。两个原因造成了你公司现在所得税两头申报。现在的情况地税可能不会让你注销，因为除了所得税，还有其他附征税种；国税登记的所得税应先取消，但必须做清算申报，免得2016年又要提示你要汇算清缴。
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